Hingga akhirnya, pada 17 Februari 2012, Polda Metro Jaya menangkap John Kei di Hotel C'One, Pulomas, Jakarta Timur.
Penangkapan John disaksikan oleh sang adik, Tito Refra, yang tak sengaja berada di hotel itu saat ditangkap.
Baca juga: Diduga Terkait Pembacokan di Cengkareng, John Kei Ditangkap Polisi Lagi
"Saat itu, saya pulang kantor bersama rekan satu kantor juga kami berempat ke sana, tempat tongkrongan kami karena ada live music saat datang itu sepi," kata Tito, dikutip dari pemberitaan Kompas.com (18/2/2012).
Proses penangkapan John Kei pun tak memakan waktu lama, hanya 15 menit, kemudian dia dipapah oleh beberapa anggota kepolisian tak berseragam.
John Kei dan Ayung dekat sejak berkenalan di tahanan Polda Metro Jaya pada tahun 2007. Saat itu, Ayung terlibat masalah identitas palsu, sedangkan John Kei tersandung persoalan perusakan di Pondok Gede, Jakarta Timur.
Sejak itulah, keduanya menjadi dekat. Bahkan, John Kei kerap membantu Ayung jika ada permasalahan. Dia bahkan tak segan membentak salah seorang anak buahnya, yang sempat menyerang pabrik Ayung di Tangerang.
Menurut sumber Kompas.com, sosok Ayung bagi John Kei bukan sekadar teman biasa. Ayung telah dijadikan "tambang emas" oleh John Kei lantaran pengusaha muda itu terbilang royal dan tidak pernah macam-macam.
Sifat Ayung yang royal terhadap John Kei ini pun dibenarkan kuasa hukum Ayung, Carel Ticualu.
Baca juga: Usai Penggerebekan John Kei, Perumahan Tytyan Indah Bekasi Dijaga Polisi
"Tidak ada persaingan di antara mereka. Saat John Kei perlu duit, minta ke Ayung dikasih. Kalau ada bisnis apa, dan dinilai Ayung visible, dia bantu dan ini berjalan terus. Saya juga agak aneh kalau John Kei sampai bunuh Ayung, apa enggak suatu kebodohan?" kata Carel, Selasa (28/2/2012) malam.
Nama John Kei disebut dalam pembunuhan Ayung lantaran sesaat sebelum pembunuhan terjadi, Ayung memang mendatangi John Kei di dalam kamar lokasi penemuan jenazah.
Namun, pertemuan tersebut memang tidak pernah diceritakan Ayung ke siapa pun. Menurut sumber Kompas.com, pada siang harinya, Ayung mengaku akan bertemu dengan seorang menteri.
Sang kuasa hukum mengetahui kliennya berbohong dan dia sebenarnya akan bertemu John Kei malam itu.
"Tapi, kalaupun dia mau ketemu, ya itu biasa saja buat saya. Karena John Kei kan sudah sangat dekat dengan Ayung," ucqp Carel.
Baca juga: Aksi Penembakan Terjadi di Green Lake City Tangerang, Polisi Kumpulkan Keterangan Saksi
Berdasarkan hasil reka adegan yang dilakukan jajaran Polda Metro Jaya, John Kei diketahui berada di dalam kamar Ayung saat pembunuhan terjadi.
Saat anak buahnya menghabisi nyawa Ayung, John Kei saat itu duduk mengamati. John Kei terlibat dalam kasus pembunuhan ini diduga dilatarbelakangi motif yang lebih kuat dan lebih menguntungkan bagi John Kei ketimbang perkara jasa fee Rp 600 juta.