Sebagai proyek pengendali banjir Jakarta, Ciliwung merupakan satu dari sejumlah kali di Jakarta yang sedang dalam proses normalisasi. Sejak 2012, contohnya, telah berlangsung normalisasi Kali Pesanggrahan, Angke, dan Sunter (PAS). Namun, hingga saat ini normalisasi PAS yang ditargetkan selesai 2015 belum juga selesai karena masih terkendala pembebasan lahan.
Normalisasi Kali Ciliwung juga dimulai pada 2014, tetapi baru tahap menambah kapasitas debit air di pintu air bagian hilir. Dimulai dengan melebarkan Pintu Air Karet dan Pintu Air Manggarai yang berada di ruas Kali Ciliwung-Kanal Barat. Kali Ciliwung lama yang tak lagi diairi sejak kali itu disodet ke Kanal Barat juga ikut dinormalisasi, yakni mulai dari Pintu Air Manggarai sampai Masjid Istiqlal.
Bantaran kali itu sudah dikepung hunian sehingga badan sungai tak dapat lagi menampung air. Total ada 35.000 keluarga yang tinggal di sepanjang bantaran kali itu.
Sementara itu, di kawasan hulu, alamnya juga rusak. Saat musim hujan, volume air yang mengalir dari kawasan hulu selalu berpotensi membanjiri kawasan hilir di Jakarta. Debit banjir Kali Ciliwung dari masa ke masa pun terus meningkat. Pada 1918, debit banjir di Kali Ciliwung 280 meter kubik per detik, pada 1973 menjadi 370 meter kubik per detik, dan pada 1997 menjadi 570 meter kubik per detik.