Namun, Rizieq tak memenuhi panggilan pertama itu dan panggilan kedua pada 9 Maret 2003.
Rizieq diketahui berangkat ke Malaysia pada 8 Maret 2003 dengan alasan misi ke Irak.
Ia kemudian dipaksa pulang ke Indonesia dan dijemput di Bandara Soekarno Hatta pada 20 April 2003.
Selanjutnya, pemimpin FPI itu ditahan di Rutan Salemba, Jakarta Pusat.
Baca juga: Polisi Bakal Tangkap Rizieq Shihab dkk, FPI: Beliau Masih Kelelahan
Pada 11 Agustus 2003, Rizieq Shihab dijatuhi hukuman selama tujuh bulan penjara oleh majelis hakim yang diketuai Hery Swantoro di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat.
Majelis hakim menyatakan Rizieq terbukti bersalah menghasut supaya melakukan perbuatan pidana, dan menyatakan permusuhan, kebencian, atau penghinaan terhadap Pemerintah Indonesia.
Dalam amar putusannya, majelis hakim menghukum terdakwa dengan pidana selama tujuh bulan, dikurangi masa tahanan terdakwa dalam tahanan, serta memerintahkan agar terdakwa tetap dalam tahanan.
Kala itu, Rizieq sudah ditahan hampir empat bulan, sehingga tinggal tiga bulan lagi masa tahanannya.
Pada tahun 2004 dan 2006, FPI kembali terlibat dalam kasus pengrusakan beberapa tempat hiburan di Jakarta. Namun, Rizieq hanya diperiksa sebagai saksi.
Pada tahun 2008, Rizieq kembali tersandung masalah pidana kasus pengeroyokan hingga masuk meja persidangan.
Ia divonis 1,5 tahun penjara oleh majelis hakim Pengadilan Negeri Jakarta Pusat pada 31 Oktober 2008 atas kasus pengeroyokan dan kerusuhan di Monas.
"Terdakwa Habib Rizieq terbukti secara meyakinkan melakukan tindak pidana menganjurkan kekerasan terhadap orang dan barang. Terdakwa dikenai Pasal 170 Ayat 1 juncto Pasal 55 KUHP tentang menggerakkan pengeroyokan dan pembiaran tindakan kekerasan," kata Ketua Majelis Hakim Panusunan Harahap di Pengadilan Negeri Jakarta Pusat pada 31 Oktober 2008.
Kasus kerusuhan Monas terjadi antara anggota FPI dan Aliansi Kebangsaan untuk Kebebasan Beragama dan Berkeyakinan (AKKBB) pada 1 Juni 2008, tepat pada Hari Kelahiran Pancasila.
Kerusuhan di Monas kemudian dikenal dengan sebutan insiden Monas.
Baca juga: Rizieq Shihab dan 5 Orang Jadi Tersangka, Kapolda Metro: Kita Akan Lakukan Penangkapan
Berdasarkan hasil penyidikan Polda Metro Jaya, Rizieq terbukti menjadi otak dari pengeroyokan AKKBB di Monas.
Insiden itu bermula ketika AKKBB menggelar aksi peringatan hari lahir Pancasila di Monas.
Kemudian, massa AKKBB diserang oleh massa beratribut Front Pembela Islam dan beberapa organisasi masyarakat lain.
Aksi kekerasan itu mengakibatkan peringatan hari kelahiran Pancasila di kawasan Monas harus dibubarkan. Setidaknya tercatat 12 orang peserta AKKBB terluka akibat kekerasan yang dilakukan FPI.
Mereka yang terluka di antaranya Direktur Eksekutif International Centre for Islam and Pluralism (ICIP) Syafii Anwar, Direktur Eksekutif The Wahid Institute Achmad Suaedi, dan pemimpin Pondok Pesantren Al Mizan KH Maman Imanul Haq Faqih dari Majalengka.
Pada tahun 2017, Rizieq ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus chat WhatsApp berkonten pornografi yang diduga melibatkan dirinya dengan Firza Husein.
Kasus chat mesum itu berawal dari beredarnya tangkapan layar chat yang diduga melibatkan Rizieq dan Firza melalui situs baladacintarizieq.com.