Fadjar mengajukan surat pengunduran dirinya sebagai Sekda DKI Jakarta per 8 April 2013 langsung kepada Jokowi. Namun, alasannya bukan karena kesehatan ataupun tidak bisa mengikuti ritme kerja Jokowi-Basuki, melainkan demi mengikuti pertarungan dalam Pemilu Legislatif (Pileg) 2014.
Saat itu, ia menjadi calon anggota legislatif (caleg) untuk daerah pemilihan 3 Jakarta Barat, Jakarta Utara, dan Kepulauan Seribu dari Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDI-P). Sesuai Peraturan Pemerintah Nomor 27 Tahun 2004, Fadjar wajib mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Sekda DKI dan sebagai PNS.
Setelah Fadjar mundur, Jokowi menunjuk Wiriyatmoko menjadi Pelaksana Tugas (Plt) Sekda DKI, dan kini Saefullah-lah yang terpilih menjadi PNS nomor satu di Ibu Kota. Namun sayang, Fadjar gagal melenggang ke "Senayan". Ia hanya mendapatkan sekitar 35.000 suara, dari minimal perolehan 57.000 suara.